摘    要

RNA的细胞生物功能与其形成三级结构的动力学过程及所形成结构的稳定性密切相关，而RNA所处的环境,如离子与中性分子（拥挤分子）对其折叠过程及三维结构稳定性有重大影响。本文选择RNA三级结构变化频繁发生的折叠行为——GAAA四碱基环与受体的对接（tetraloop-receptor docking）为研究对象，采用拥挤分子模型（crowder model），计算研究离子与拥挤分子对其对接动力学过程与热力学性质的影响。通过对比无中性分子的情况，发现crowder削弱了镁离子对四碱基环与受体的对接稳定性的影响。

目录

1、 引言 4

1.1、 核糖核酸（RNA）分子介绍 4

1.2、 影响RNA折叠的因素 6

2、 研究现状 6

2.1、 细胞环境下对RNA折叠稳定性研究的主要实验发现 6

2.1.1、 单价、多价阳离子均能促进RNA折叠稳定 6

2.1.2、 单价及多价离子对RNA折叠稳定影响不同 6

2.1.3、 大分子促进了生物分子的紧凑或折叠的状态的稳定 6

2.2、 细胞环境下RNA折叠稳定性的理论研究 7

2.2.1、 泊松-波尔兹曼模型（PB模型） 7

2.2.2、 紧束缚离子模型（TBI模型） 7

2.2.3、 隐离子模型[17] 7

2.2.4、 大分子影响蛋白质折叠模型 7

3、 研究对象 8

4、 研究方法 9

4.1、 Crowder模型[11] 9

5、 计算结果与讨论 11

5.1、 多价阳离子束缚分数 11

5.2、 溶液可进入RNA表面面积 14

5.3、 离子熵 15

5.4、 静电自由能（焓） 16

5.5、 折叠稳定性 19

6、 总结 20