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摘 要
西红花（学名：Crocus sativus L）是世界上价值最高的香料之一[1, 2]，西红花最早是西南亚的原生种[2, 3]，然而却是由古希腊人最高进行人工栽培的[4]，而后传入中国西藏，所以有藏红花这一别名[5]。现如今已经研究报道的西红花腐烂疾病主要病菌通过单一或复合侵染等影响开花和及生叶[6]。本课题通过利用高通量测序技术，对西红花病害土壤中的微生物基因组进行Meta（Metagenomics，翻译成元基因组学，或翻译成宏基因组学）测序分析，通过本次课题研究，可以得出西红花病害土壤中主要的微生物有放线菌、变形菌、酸杆菌、绿硫菌、芽单胞菌、硬壁菌、蓝细菌、奇古菌、浮霉状菌、拟杆菌等，其中优势种为放线菌、变形菌、酸杆菌。应用Meta分析方法就可以准确的知道所栽培的西红花的土壤里面有哪些微生物如以上微生物，从而可以进行预防，提前杀菌，防止染病。
目 录
1.引言和导论 6
1.1西红花概述 6
1.2西红花产量现状及其产量下降原因 6
1.3 Metagenomics分析概念 6
1.4 Meta如何分析西红花 7
2.实验过程及其方法 7
2.1实验材料和试剂 7
2.2 西红花病害土壤的采集 7
2.3建库测序流程 7
2.3.1 DNA样品检测 8
2.3.2 文库构建及其库检 8
2.4 信息分析流程 8
3. 结果与分析 9
3.1 测序数据预处理 9
3.2 Metagenome组装 11
3.3 基因预测及其丰度分析 12
3.3.1 基因预测及其丰度分析基本步骤 12
3.3.2 gene catalogue基本信息统计 13
3.3.3 基因丰度基本信息统计 14
3.4 物种注释 14
3.4.1 物种注释基本步骤 14
3.4.2 物种注释结果 15
3.4.3物种相对丰度柱形图分析 15
3.4.4 样品聚类分析 17
3.4.5 结果讨论和展望 18 |
