摘    要

 

 

编码蛋白质的基因和转座子是基因组中两类不同的结构单元。编码蛋白质的基因蕴含功能执行者（蛋白质）的遗传信息，而转座子是基因组中非常活跃的一类结构单元。转座子在植物基因组中的广泛存在及其在植物基因组的进化中扮演的重要角色使其越来越受到人们的关注。单核苷酸多态性（ single nucleotide polymorphism）主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的 DNA 序列多态性。广泛存在于基因组中，占所有已知多态性的 90%以上。本实验通过设计Perl程序，将拟南芥生态型Bur-0点突变信息中的点突变数据映射到拟南芥基因组中的编码蛋白基因和转座子区域，分析基因和转座子区域的点突变的分布频率，理解编码蛋白基因和转座子这两类结构单元的变异差异。通过对结果的分析我们发现转座子区域累积较多的SNP。

 

 

关键词：编码蛋白；转座子；单核苷酸多态性；基因组进化

目录

第一章 文献综述 5

1.1 引言 5

1.2 拟南芥中SNP对编码蛋白基因影响研究进展 5

1.3 拟南芥中SNP对转座子影响研究现状 6

1.4 小结 7

第二章 材料方法 8

2.1 实验材料 8

2.2 实验设计 8

2.2.1 实验设计流程图 8

2.2.2 实验流程解释说明 9

2.3 小结 9

第三章结果分析 10

3.1 Bur-0基因组SNP对应到Col-0编码蛋白质基因区域结果分析 10

3.2 Bur-0基因组SNP对应到Col-0转座子基因区域结果分析 11

第四章讨论 13

4.1讨论 13

4.2总结 14

参考文献 15

致谢 18

附录 19

附录1：SNP对应编码蛋白质基因区域程序设计 19

附录2：SNP对应转座子基因区域程序设计 20

附录3：SNP对应编码蛋白基因区域频率分布处理数据 21

附录4：SNP对应转座子基因区域频率分布处理数据 25

附录5：SNP数量区间频率分布处理数据 28

附录6：SNP数量区间累积频率处理数据 29