摘   要

核糖核酸（RNA）的生物学功能与其三级结构及折叠稳定性密切相关。研究表明，细胞内环境因素对RNA的折叠过程及折叠结构的稳定性均有影响。本文采用考虑了中性拥挤分子及离子共同作用的Crowder模型，模拟研究RNA假结（pseudoknot）在类细胞真实环境中的折叠稳定性。模拟计算结果表明，存在crowder的环境中，BWYV和T2结构折叠稳定性随着镁离子浓度的增加而增大，但相比于纯离子环境，crowder通过体积排斥与改变细胞环境介电常数，削弱RNA假结的折叠稳定性。

 

 

目    录

1 引言 4

1.1 RNA简介 4

1.2 RNA的folding（折叠） 4

1.3影响RNA折叠的因素 5

2 RNA折叠稳定性的研究现状 5

2.1实验研究 5

2.2理论研究 5

3 研究对象 6

4 研究方法 7

4.1 CROWDER模型 7

4.2  pseudoknot的折叠稳定性 9

5 结果与讨论 10

5.1 溶剂进入表面面积 10

5.2单价离子绑定分数 12

5.3二价离子绑定分数 13

5.5 总自由能 14

5.6静电自由能 15

5.7离子熵（熵自由能） 17

5.8 折叠稳定性 ∆∆G 18

6 总结 20